Toutes les ressources et références
Installation de eLabFTW
Pour installer et utiliser eLabFTW, depuis les instructions et la documentation officielle de eLabFTW
Installation et utilisation de Docker
Pour installer et utiliser Docker, suivez les instructions spécifiques à votre système d'exploitation depuis la documentation officielle de Docker.
Liste des commandes Docker utilisées
Gérer les applications multi-conteneurs : créer, arrêter, supprimer (les plus utilisées)
Le programme docker-compose est une surcouche de Docker permettant de gérer des applications multi-conteneurs à l'aide d’un fichier docker-compose.yml, et notammnent le déploiement et la gestion des applications eLabFTW et MySQL.
docker-compose up -d : pour créer le ou les conteneur(s) figurant dans le fichier docker-compse.yml
docker-compose down : pour arrêter et supprimer les conteneurs existants
Visualiser les logs et l'activité des conteneurs (les plus utilisées)
docker-compose logs : pour visualiser les logs et informations sur l’activité du ou des conteneurs ; par exemple docker-compose logs mysql_cnrs_ssl pour visualiser les logs et informations sur l’activité du conteneur « mysql_cnrs_ssl »
docker logs : pour consulter les journaux de sortie d'un conteneur en spécifiant le nom ou l'ID du conteneur, docker logs [nom_conteneur] ; docker compose logs -f [nom_conteneur]
Exécuter, télécharger ou créer une image
docker run : pour exécuter un conteneur à partir d'une image Docker ; il est possible de spécifier des options les numéros de ports à exposer, les volumes à monter, les variables d'environnement...
docker pull : pour télécharger une image Docker à partir d'un registre (Docker Hub).
docker build : pour créer une nouvelle image Docker à partir d'un fichier Dockerfile.
Afficher, arrêter et redémarrer un conteneur en cours d'exécution
docker ps : pour afficher les conteneurs en cours d'exécution ; il est possible d’utiliser docker ps -a pour afficher tous les conteneurs ; pour montrer tous les conteneurs Docker actifs, docker ps -aq
docker stop : pour arrêter un conteneur en cours d'exécution en spécifiant le nom ou l'ID du conteneur ; pour stopper tous le conteneurs Docker actifs et qui tournent, docker stop $(docker ps -a -q)
docker start : pour redémarrer un conteneur arrêté en spécifiant le nom ou l'ID du conteneur.
docker restart : pour redémarrer un conteneur en cours d'exécution en spécifiant le nom ou l'ID du conteneur.
Faire des actions dans le conteneur : exécuter un bash, faire un check
docker exec : pour exécuter une commande dans un conteneur en cours d'exécution ; par exemple pour avoir un shell du conteneur, docker exec -it [ID_conteneur] bash
docker exec -it elabftw_cnrs bin/console db:check : pour faire un check depuis le terminal console du conteneur.
docker exec -it elabftw_cnrs bin/console db:install : pour faire l’installation depuis le terminal console du conteneur.
docker exec -it mysql_cnrs_ssl bash : pour entrer dans un bash du conteneur.
Afficher les images, les supprimer
docker images : pour afficher la liste des images Docker présentes sur le système, docker images -a
docker rmi : pour supprimer une image Docker en spécifiant le nom ou l'ID du conteneur.
docker rm : pour supprimer un conteneur arrêté ; il est possible de spécifier le nom ou l’ID du conteneur docker rm -f pour supprimer un conteneur en cours d'exécution ; pour supprimer tus les conteneurs, docker rm $(docker ps -aq)
Gérer les réseaux
docker network : pour gérer les réseaux Docker ou créer des réseaux personnalisés ; pour lister les réseaux Docker, docker network ls
docker network create --driver : pour créer un réseau de type bridge ou host, docker network create --driver bridge [Nom-bridge], docker network create --driver host [Nom-host] ; pour créer un réseau type bridge avec les options subnet et Gateway, docker network create bridge --subnet=172.16.86.0/24 --gateway=172.16.86.1 [Nom-bridge]
docker network inspect : pour avoir des informations sur le réseau docker type bridge, docker network inspect mon-bridge [Nom-bridge]
docker network rm : pour supprimer un ou plusieurs réseaux Docker en précisiant son nom
docker network connect : pour connecter un conteneur à un réseau Docker en précisant le nom du réseau et le nom du conteneur
docker run --network : pour démarrer un conteneur et le connecter à un réseau docker en précisant le nom du réseau et le nom de l’mage du conteneur
Gérer les volumes
docker volume : pour gérer les volumes Docker utilisés pour le stockage et la persistance des données.
Bibliographie et documentation
Documentation Deltablot
Le guide du réseau Qualité en Recherche
Les ressources sur l'intranet du CNRS
Blibliographie
Contributeurs et remerciements
Animateurs du groupe de travail CLE:
VIAUD Karine (RMSB)
FERRERE Richard (CELIA)
Remerciements à tous les membres du groupe de travail CLE (CNRS, INRAE)
et plus particulièrement aux membres actifs pour les nombreux échanges de travail et conviviaux au sein de 8 séances.
SABATIE Sandrine (INRAE)
VALEINS Henri (RMSB)
VIAIUD Karine (RMSB)
SIBAUD Jean-Marc (I2M)
GOILLANDEAU Michel (IMN)
HORTOLLAND Philippe (LP2N)
FERRERE Richard (CELIA)
Remerciements spécifiques:
VALEINS Henri (RMSB) en tant qu'expert au niveau national (porteur projet CLE/CNRS), pour sa documentation qui a permis de démarrer les activités du GT et de procéder aux installations.
CORLE Gaëtan (CELIA) pour la mise en place de la plate-forme de tests et des machines virtuelles.